薬学研究科は、より高度な先端的知識・技能を習得し、独創的先端研究に従事することによって、自己開発型の研究者・技術者を育成することを目標としています。研究科は２専攻（創薬生命科学専攻と医療機能薬学専攻）からなり、博士前期課程では、研究課題への取り組み方の指導を行い主に問題解決能力の獲得を、さらに博士後期課程では最前線の研究成果を挙げ学術論文として発表し、その過程で問題解決能力のみならず課題設定能力をも獲得することを目的としています。本薬学研究科の修了生は主として製薬企業に研究職・開発職として就職し、我が国の医薬品産業界の発展に寄与してきました。さらに公的研究機関や大学の研究者としても活躍しています。また、医薬分業の進展と共に医薬品の適正使用にかかわる高度な知識・能力が求められていることに対応し、医療機能薬学特別実務研修の習得も可能としています。なお、平成１８年度の薬学部薬学科（６年制）・生命薬科学科（４年制）の設置に対応した大学院の改組を、年次進行に合わせて行っています。平成22年度から4年制学科に対応した博士前期課程(2年制)の改組を行い、１専攻（創薬生命科学専攻）としました。平成24年度に博士後期課程（3年制）の改組を行う予定です。また、6年制学科に対応した博士課程（4年制）を平成24年度に設置する予定です。薬学研究科における教育・研究の一層の充実と多様化を図ることを目的として、愛知県がんセンターおよび国立長寿医療センターとの連携協定に基づき、腫瘍制御学分野と加齢病態制御学分野を平成２０年４月から開設し、また名古屋工業大学工学研究科との連携協定に基づき、薬工融合講義科目を平成20年度後期から設置しています。

創薬生命科学専攻

多様化した疾病の治療に対応できる最新の医薬品研究開発の知識と技術、ならびに生命科学の急速な進歩に呼応した生体分子機能解析の最先端の知識と技術を習得します。関連学問分野を有機的につなぎ、最新の生命科学や創薬科学の知識と技術を習熟し、医薬品開発研究と生命科学の推進・展開についての教育・研究を行います。

医療機能薬学専攻

医療現場での医薬品を含む診断・治療の高度化ならびに複雑化に十分対応し、医薬品の適正使用、薬害の未然予防、薬学的見地からの患者への的確な配慮、治験薬管理における高度の専門知識と技能の基盤となる基礎研究と臨床研究を行い、医療機能薬学の基礎及び臨床における医療薬学の実践、薬剤師活動の推進・展開について教育・研究を行います

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